在参拜母亲宅兆的回程途中真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击要害时刻2号机势如破竹挫败敌手真嗣也由此结识了2号机的利用者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)与缄默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)差别明日香自信张扬甚至有些自大在和真嗣相处的日子里相互闹出不少的笑话他们三人划分驾驶着零号机、初号机和2号机对抗了第八使徒猛烈的攻击在这一历程中淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生不久后第九、十使徒相继降临真嗣他们面临着生与死的残酷考验……
本片为福音战士新剧场版四部曲第二部